¿Cuál es el origen de la letra "ñ"?

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Manuel A.Baigorri ha dado un excelente respuesta sobre de donde proviene el fonema /ñ/ y Carlos Thompson ha dado esencialmente la respuesta correcta. Voy a ampliar la respuesta de Carlos en lo referente a las convenciones medievales:

La virgulilla (~) [en inglés se llama tilde] que se coloca sobre la ñ y otras vocales nasales del portugués, ã y õ, es una n colocada encima de n, a y o y estilizada (de ahí que la forma de ~ recuerde a la de n manuscrita). La cosa es que en la Edad Media se usaban muchas abreviaciones para ahorrar espacio y escribir menos (tanto la tinta como el papel eran caros) en textos del siglo XIV las secuencias an, en, in, on, un se escribían de tanto en tanto como ã, ẽ, ĩ, õ, ũ (y también se podía abreviar así la otra nasal -m: am, em, im, om, um aparecen en muchos manuscritos escritos ocasionalmente como ã, ẽ, ĩ, õ, ũ) igualmente la secuencia nn se escribía escriben una n sobre la otra: ñ (ocasionalmente también palabras somnus ‘sueño’ se escribían sõnus o soñus). Una palabra como ventum ‘viento’ podía escribirse abreviadamente como vẽtũ (aunque normalmente se abrevia sólo la nasal final ventũ).

Luego resultó que palabras latinas como anno ‘año’, stannum ‘estaño’, domina > domna ‘señora’ escritas usualmente como año, stañũ y doña dieron la pauta para transcribir el sonido /ñ/ ya que muchas palabras latinas escritas como nn o ñ, en castellano acabaron sonando como /ñ/.