General en jefe del Ejército Libertador, participó en la Guerra de Independencia de Venezuela, Nueva Granada y Ecuador. De este último país fue presidente en los siguientes períodos: 1830-1834; 1835-1839 y 1843-1845.

Cuando el mariscal Antonio José de Sucre regresa al Ecuador, Flores figura como su segundo en la batalla de Portete de Tarquí (al sur del Ecuador) el 27 de febrero de 1829, en la cual es derrotado el ejército peruano mandado por el general José de La Mar; siendo ascendido ese mismo día a general de división.

El 13 de mayo de 1830, al decidirse la separación de Ecuador de la Gran Colombia, Flores es encargado del mando supremo, civil y militar de dicha nación, hasta el establecimiento de una Constituyente. El 30 de mayo del mismo año se celebran elecciones en Ecuador, ganando el partido del general Flores; por lo que entrega el mando que le fuera otorgado y es elegido por la Constituyente el 11 de septiembre, presidente de la naciente República para el período 1830-1834.

Durante este primer período presidencial, Juan José Flores tuvo que enfrentar varios alzamientos militares; el primer de ellos liderado por el general Luis Urdaneta, el cual comenzó en Guayaquil el 28 de noviembre de 1830, se extendió a Cuenca el 2 de diciembre y 7 días después a Quito. Aunque el movimiento fue sofocado en Quito, siguió en el resto del país, siendo derrotado finalmente en marzo de 1831.

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