Los estromatolitos son microbialitos, estructuras minerales bioconstruidas, finamente estratificadas de morfología laminar, originados por la producción, captura y fijación de partículas carbonatadas por parte de biopelículas de cianobacterias​ y otras bacterias. Las cianobacterias, mediante fotosíntesis, liberan oxígeno y captan de la atmósfera grandes cantidades de dióxido de carbono para formar carbonatos que, al precipitar, dan lugar a la formación de los estromatolitos.

Los estromatolitos son fruto de la actividad de agrupaciones de células en colonias formando rocas sedimentarias. Las células fosilizadas más numerosas se encontraron en tales rocas originadas al borde de mares cálidos. Al examinarlas en corte al microscopio se distinguen muchas capas superpuestas en finas láminas apiladas unas sobre otras en las que sólo la capa superficial contiene organismos vivos. Estas rocas son el resultado de la unión de seres unicelulares, las cianobacterias, que viven en mares cálidos y en aguas poco profundas. Las rocas se forman muy lentamente, capa sobre capa, al morir las células de una capa, depositarse el carbonato cálcico de sus paredes sobre la capa anterior y formarse sobre ellas una nueva capa viva.

Hace unos 3700 millones de años, cuando en los océanos ya existían millones de células vivas, aparecieron los estromatolitos y entre 2500 y 1000 millones de años atrás, los arrecifes de estromatolitos estaban ampliamente expandidos y produciendo oxígeno de forma masiva.

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