El estrecho de Lombok es uno de los principales pasajes para el flujo de paso de Indonesia, que intercambia agua entre el Océano Índico y el Océano Pacífico. También es parte del límite biogeográfico entre la fauna del reino de Indonesia y la fauna claramente diferente de Australasia.

El límite se conoce como la línea Wallace, por Alfred Russel Wallace, quien fue el primero en señalar la sorprendente diferencia entre los animales del Indomalaya y los de Australasia, y lo abrupto que era el límite entre los dos biomas. Estrecho en sí mismo que mantenía a los animales de ambos lados aislados unos de otros.

Cuando el nivel del mar descendió durante la edad de hielo del Pleistoceno, las islas de Bali, Java y Sumatra estaban conectadas entre sí y con el continente asiático. Compartieron la fauna asiática. Las aguas profundas del estrecho de Lombok mantuvieron a Lombok y al archipiélago de la Sonda Menor aislados del continente asiático. Estas islas fueron, en cambio, colonizadas por fauna de Australasia.

Debido a la conexión del mar de Java con el océano Índico, la abundancia de flora y fauna se debe a su ubicación entre el océano Índico y el océano Pacífico, donde el estrecho actúa como paso de corrientes.

Acompañado de su flora y fauna están sus hábitats marinos que varían en temperatura del agua, su presencia de sedimentos volcánicos y calcáreos, afluencia local de agua dulce entre arroyos, laderas de arrecifes arenosos y fuertes corrientes.

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