El departamento de Treinta y Tres fue constituido en 1853, con territorios pertenecientes a los departamentos de Cerro Largo y Minas (actual Lavalleja). Se bautizó de esta manera en conmemoración a los Treinta y Tres Orientales, que al mando de Juan Antonio Lavalleja, lucharon para independendizar la antigua Provincia Oriental, que comprendía el actual estado de Uruguay, del Imperio del Brasil y reunificarla con las demás provincias argentinas.

El diseño de la bandera del departamento Treinta y Tres es el siguiente: sobre fondo blanco, cuatro franjas azules a su izquierda que simbolizan las aguas del departamento. A su derecha, un medio sol color oro, que representa la luz, y los ideales de nobleza.

En un círculo de pureza, el antiguo cuervo, en raudo vuelo, como desafiando los abismos de la Quebrada; se aleja del zucará en color verde y rojo, uno de los elementos autóctonos del monte natural. El color plata del ave, significa pájaro de quebrada; es la tierra y los ideales de integridad y pureza.

Es la bandera oficial del departamento desde el 7 de febrero de 2003.

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