En diciembre de 1945, ​Muhammad, sus hermanos Califa Alí y Abu al-Majd del clan al-Samman, y otros cuatro aldeanos de la pequeña población de Al Qasr wa al-Sayyad (la antigua Quenoboskion), cercana a Nag Hammadi, se acercaron al cercano macizo montañoso de Jabal al-Tarif, a unos 11 km al nordeste de Nag Hammadi, buscando fertilizantes para sus cultivos. Escarbando debajo de una gran mole de piedra, encontraron una jarra de cerámica sellada. Pudiendo más la curiosidad que el temor a que anidase en ella algún jinn o genio maligno, se decidieron a romperla, encontrando los códices cuidadosamente encuadernados.

Dichos códices representan una colección de textos, en su mayor parte adscritos al Cristianismo Gnóstico Primitivo, Doce códices de papiro encuadernados en piel, y los restos de un décimo tercero, cuidadosamente guardados en una jarra de cerámica sellada y escondidos en unas grutas próximas (en el macizo montañoso de Jabal al-Tarif), fueron encontrados casualmente por un campesino llamado Muhammad Alí al-Samman.​

Fueron escritos en copto entre los siglos III y IV d.C.4​ El más conocido de los manuscritos, el Evangelio de Tomás, contiene traducciones de textos que ya estaban presentes en el Papiro 1 de Oxirrinco, fechado en el año 250.

El hallazgo de la Biblioteca de Nag Hammadi en 1945 constituye, junto con los Manuscritos de Qumrán, el más grande descubrimiento de textos antiguos de la Edad Contemporánea.

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