El golfo de Fonseca es un entrante protegido del Océano Pacífico localizado al oeste de Centroamérica. Es uno de los mejores puertos naturales del mundo y tiene una extensión de unos 3.200 km². Entre los puertos importantes se cuentan La Unión, en El Salvador; San Lorenzo, en Honduras; y Puerto Morazán, en Nicaragua.

Este peculiar ecosistema se caracteriza por presentar agua más salada que el Océano Pacífico, durante la estación seca, y variada intensidad de oleaje, lo que crea condiciones especiales que determinan la presencia de especies adaptadas a esta condiciones ambientales, así como a mayores concentraciones de microalgas, por ello el agua se mantiene turbia y en diferentes tonalidades de azul-verde la mayor parte del tiempo.

La diversidad biológica presente en los ecosistemas que se encuentran en este territorio, constituye un patrimonio nacional y mundial de innegable importancia económica, social y cultural.

Los ecosistemas acuáticos continentales y estuarios representan apenas el 5.4% del territorio, pero son esenciales para muchas comunidades locales y sustentan actividades vinculadas a la recreación, pesca y turismo.

Presenta ecosistemas propios del trópico del Pacífico de Mesoamérica: Bosque Seco Tropical, en las islas, así como en las partes bajas del volcán de Conchagua, incluyendo las Áreas Naturales Protegidas del lugar.

Manglares caracterizados por presentar menor altura y mayor salinidad,situación que los convierte en ecosistemas único.

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