El máximo referente de la selección chilena de fútbol en la década del '90, Iván Zamorano, oficializó su retiro de la selección en un partido ante su similar de Francia el 1 de septiembre de 2001, quien era en ese entonces el actual campeón del mundo, que acabó con el triunfo chileno por 2:1. Zamorano fue reemplazado por Claudio Núñez en el minuto 84, cuando recibió la ovación de 65 000 personas que repletaron el Estadio Nacional.

Durante las clasificatorias rumbo a Corea y Japón 2002, fue muy criticado, debido a que entre fines del 2000 y mediados del 2001, Zamorano no se encontraba en un buen nivel en la selección, e incluso hubo rumores de una "lucha de egos" en el camarín de la selección con su compañero y amigo Marcelo Salas, que provocó la eliminación del equipo chileno del mundial, llegando a ser último lugar en las clasificatorias (10/10) con 12 puntos.

En la selección chilena jugó en 69 ocasiones, con 34 goles oficiales.​ Junto con Marcelo Salas, conformó la llamada "Dupla Sa-Za", llevando a su selección al Mundial de Francia 1998, donde en primera fase empataron contra Italia (2:2), contra Austria (1:1) y Camerún (1:1). Finalmente, fueron eliminados en octavos de final ante Brasil (1:4). Posee el récord de ser el jugador en hacer más goles en una edición de las clasificatorias, con 12 tantos rumbo a Francia 98. También fue integrante de la selección que ganó el bronce en los Juegos Olímpicos de Sídney 2000, siendo goleador con seis anotaciones.

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