El 8 de mayo de 1561 Felipe II tomó la decisión de establecer la corte de forma permanente en Madrid. De esta manera empezó la historia de la ciudad como capital, y a su vez un proceso de cambio que la transformaría en la ciudad vibrante y vital que es actualmente.

Cuando Felipe II se trasladó a Madrid junto con su corte, el Monasterio del Escorial todavía no estaba construido. El complejo, que incluye el palacio real, una basílica, un panteón, una biblioteca, un colegio y un monasterio, fue ideado por el propio Felipe II y diseñado por el arquitecto Juan Bautista de Toledo. Más tarde, se convertiría en la residencia real.

La renovación de la antigua plaza del Arrabal la convirtió en la plaza Mayor. Las obras fueron encargadas por Felipe II, aunque fue Felipe III, su hijo, quien se encargó de finalizarlas en 1617, por ello está presidida por una estatua ecuestre de Felipe III.

Aunque desde principios del siglo XIII Valladolid había sido una de las principales sedes de la corte castellana, no era la única. Toledo fue también durante algunos periodos la cabeza de la corte real. De hecho, tradicionalmente la corte había sido itinerante –una alternativa común a la capitalidad fija– y se trasladaba allí donde iba el rey.

Uno de los motivos más evidentes del traslado de la corte, es la centralidad geográfica de Madrid respecto el resto de la península. Sin embargo, a menudo se dice que el rey Felipe II se trasladó a Madrid por política y por amor.

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