El río Chubut nace en el cerro Carreras, en el suroeste de la provincia argentina de Río Negro, sobre el territorio de las sierras bajas al este de la cordillera andina. Al descender de la sierra se interna en la meseta patagónica.

El cauce del río Chubut se divide en tres tramos o cursos: superior o alto, medio e inferior o bajo.

El curso superior del Chubut ocupa desde su nacimiento en el cerro Carreras hasta la confluencia con el río Gualjaina. Este curso ocupa parte del territorio de las provincias de Río Negro y Chubut.

En la provincia de Río Negro, el Chubut discurre por estrechas gargantas labradas sobre suelo volcánico con pendientes que varían entre los 6 y los 25 m/km en medio de un relieve abrupto. Este tramo presenta rápidos, cascadas y saltos de gran atractivo.

El curso medio del Chubut se ubica entre la confluencia de este con el río Gualjaina y el embalse Florentino Ameghino, en la provincia de Chubut, al oeste de la ciudad de Trelew. Este curso se ubica íntegramente en territorio de la provincia de Chubut, en la meseta patagónica. En este tramo el río se transforma en un cauce majestuoso con un ancho inicial de 80 m, que obtiene gracias al relieve plano de la meseta.

El curso inferior del río se ubica en el sector comprendido aguas abajo del embalse Florentino Ameghino hasta su desembocadura en el océano Atlántico, a través de la Bahía Engaño. En este tramo alcanza su ancho máximo en un valle de 6 km.

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