El cauce del río Guadiana ha dado lugar a notables controversias a lo largo de la historia ya que este tenía un trecho donde desaparecía. Recorre una distancia total de 744 km de los cuales 502 km corresponden a territorio español, 140 km a Portugal y 100 km a zona fronteriza. Su cuenca se extiende a lo largo de 67 733 km² que se distribuyen así: un 81,9% por España (55 513 km²) y en un 17,1% por Portugal (11.620 km²).

Este río desaparecía y después volvía a aparecer. El lugar donde desaparecía es Argamasilla de Alba en donde sus aguas se infiltran en el subsuelo para alimentar un acuífero de la Mancha y vuelve a aparecer en lo que se denomina como Ojos del Guadiana (Ciudad Real), a unos 50 kilómetros. Según el volumen de agua que contenía el acuífero subterráneo podía surgir agua o no.

Se considera que los Ojos del Guadiana dejaron de manar definitivamente en 1984, si bien antes de aquella fecha se habían secado temporalmente debido a la sobreexplotación de dicho Acuífero. Poco después de secarse, las turberas que se habían formado a lo largo de miles de años entraron en autocombustión, provocando la desaparición de especies animales y vegetales, la emisión de ingentes cantidades de hollín y cenizas, el hundimiento hasta varios metros de profundidad de vastas extensiones del antiguo cauce e incluso algunos accidentes.

El río Okovango, en Botsuana, y el Farin, en el noroeste de China, también esconden sus aguas durante grandes distancias.

Más información: es.wikipedia.org