El territorio del Chocó comprende las selvas del Darién y las cuencas de los ríos Atrato y San Juan. Es el único departamento de Colombia con costas en los océanos Pacífico y Atlántico. Es igualmente el único limítrofe con Panamá y divide la América Central y la del Sur. En ella se encuentra la ecorregión que tiene la mayor pluviosidad del planeta. A grandes líneas comprende la mitad norte del litoral colombiano en el océano Pacífico. Se encuentra en su territorio el Parque Nacional de Los Katíos (parque binacional con el Parque Nacional Darién en Panamá), el parque nacional natural Ensenada de Utría y el Parque nacional natural Tatamá. El departamento presenta difíciles condiciones geográficas y climáticas, un territorio cubierto de bosques húmedos, con una alta intensidad pluvial.

Clima intertropical lluvioso (Af en la tipología climática de Köppen). Junto con el área de Cherrapunji, en el noreste de la India, es la zona de más alta pluviosidad en todo el planeta con más de 9.000 mm de precipitaciones anuales. Temperatura promedio 27 grados Celsius.

Las principales actividades económicas son las explotaciones forestales intensiva y la minería. La actividad maderera se orienta a la industria del aserrío. El oro juega un papel principal: El Chocó es el segundo productor de ese mineral en el país. Las principales zonas auríferas están ubicadas en los ríos San Juan y Atrato en forma de aluviones. En el valle de San Juan se encuentran ricas minas de platino.

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