Si bien ambas palabras parecen sinónimos hay sutiles diferencias a considerar:

Definición de Real Academia Española: indomable

Del latín indomabĭlis.

1. adjetivo - Que no se puede o no se deja domar.

Definición de Real Academia Española: indómito/a

Del latín indomĭtus.

1. adjetivo - No domado aún.

2. adjetivo - Difícil de sujetar o reprimir.

Originalmente, en latín existían ambas palabras y así han llegado a la lengua española.

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