Tras gobernar el Imperio a la sombra de su tío Justino I, a la muerte de este el 1 de agosto de 527, Justiniano (483-565) pasó a detentar el poder en solitario que ya compartía oficialmente con su tío desde abril de ese mismo año. La voluntad determinada de la imposición de un pensamiento y una fe religiosas distingue la actuación en política religiosa de Justiniano I.

La política religiosa de Justiniano reflejaba la convicción imperial de que la unidad del Imperio presuponía incondicionalmente una unidad de fe, y que esta fe tan sólo podía ser la fe descrita en el credo niceno. Aquellos que profesasen una fe distinta, sufrirían directamente el proceso iniciado en la legislación imperial que comenzó durante el reinado de Constancio II. Las fuentes contemporáneas como Juan Malalas, Teófanes de Bizancio o Juan de Éfeso refieren graves persecuciones contra los no cristianos, incluso de personas en las alto estatus social.

Quizá el evento más llamativo tuvo lugar en 529 cuando la Academia de Atenas, fundada por Platón, y que funcionaba desde 362 a. C. pasó a estar bajo control estatal por orden de Justiniano, consiguiendo así la extinción real de esta escuela de pensamiento helenista. El paganismo sería activamente reprimido: solo en Asia Menor, Juan de Éfeso afirma haber convertido a 70 000 paganos. También otros pueblos bárbaros aceptaron el cristianismo: los hérulos, los hunos que habitaban junto al río Don, los abasgios y los tzani en el Cáucaso.

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