Newton fue profundamente religioso. Hijo de padres puritanos (el puritanismo es una doctrina religiosa próxima al calvinismo, que se caracterizó por intentar purificar la iglesia de las doctrinas y ritos católicos y por defender una rigidez moral extrema y una absoluta adecuación de las costumbres a la moral evangélica), dedicó más tiempo al estudio de la Biblia que al de la ciencia. Un análisis de todo lo que escribió Newton, revela que de 3 600 000 palabras solo 1 000 000 se las dedicó a la ciencia. Newton era arrianista, es decir, negaba que Jesús tuviera la misma condición divina que Dios Padre, de acuerdo a las ideas de Arrio (siglo III), y creía en un único Dios, Dios Padre. Sus escritos mas secretos sobre alquimia los firmaba como Jehová Sanctus Unus (Jehová Único Santo). Sus escritos científicos son ampliamente conocidos, pero pocos conocen sus escritos religiosos, como: Observaciones sobre las profecías de Daniel y el Apocalípsis de San Juan o Relación Histórica de dos destacadas corrupciones de las Escrituras.

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