El Museo Sefardí se creó en 1964 con ubicación en la Sinagoga de Samuel ha-Leví, el edificio hispanojudío más importante de España y situado en plena judería de Toledo.

En 1968 el Museo Sefardí fue declarado "Museo Nacional de Arte Hispanojudío", y en 1969 la Sinagoga del Tránsito se desvinculó de las Fundaciones Vega-Inclán, comenzando su trayectoria como centro independiente.

En 1971 el museo abrió sus puertas al público y desde entonces ha sido objeto de varias mejoras, llevándose a cabo un plan de remodelación integral del edificio para adaptarlo a las necesidades museológicas actuales, así como un nuevo proyecto museológico y museográfico.

Por ello se han ido realizado obras arquitectónicas, restauraciones de las yeserías y artesonado, y excavaciones arqueológicas, con el fin de paliar la diversidad de actuaciones sufridas por el edificio a lo largo del tiempo y permitir que la Sinagoga forme parte del nuevo Museo como la principal pieza de su colección.

La exposición permanente tiene como objetivo dar a conocer la historia de los judíos en España, su llegada a la Península Ibérica en época romana, su edad de oro cultural durante la Edad Media, su expulsión por los Reyes Católicos en 1492, el fenómeno de la conversión y su persecución por la Inquisición.

El guion expositivo llega hasta la actualidad, poniendo el foco en el exilio y desarrollo de las comunidades sefardíes por todo el mundo.

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