Con su llegada a la presidencia, se comprometió a respetar la Constitución de 1940 y a seguir con el programa de gobierno de su predecesor. Pero al poco tiempo transcurrido, Morínigo demostraría su determinación para consolidarse en el poder. En primera instancia, debía convocar a elecciones generales a corto plazo para que el nuevo gobernante completara el periodo constitucional de Estigarribia. Sin embargo, estas elecciones no se realizaron sino hasta 1943 y Morínigo permaneció en el cargo. Su primera acción de gobierno consistió en conferir el ascenso póstumo de Estigarribia al rango de mariscal. Después de su velatorio, sus restos fueron trasladados al Panteón Nacional de los Héroes.

Morínigo se manifestaba antipartidista, y por sobre todo antiliberal, pero simpatizaba con las políticas fascistas y totalitaristas de la época, y aunque en un principio mantuvo el gabinete de su predecesor, que era compuesto en su mayoría por liberales, no tardó en romper las relaciones con este Partido. Morínigo sospechaba una conspiración en su contra por parte de los ministros liberales. Ante esta situación, el presidente destituyó a todo el gabinete hacia fines de septiembre de 1940 y desde ese momento en adelante excluiría a los liberales de todo cargo gubernamental.

El nuevo gabinete de Morínigo quedó conformado en una entente cívico-militar. Si bien constituían sectores diferentes, ambos compartían la misma voluntad política e ideológica del mandatario.

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