Los primeros europeos llegaron a Indonesia en 1512, cuando los comerciantes portugueses, dirigidos por Francisco Serrão, intentaron monopolizar las fuentes de la nuez moscada, el clavo y la pimienta en las Molucas.​ Posteriormente, en 1602 los holandeses establecieron la Compañía Neerlandesa de las Indias Orientales y se convirtió en la potencia europea dominante en la zona. Tras la quiebra, la VOC formalmente se disolvió en 1800, el gobierno de los Países Bajos estableció las Indias Orientales Neerlandesas como una nueva colonia.

Durante la mayor parte del período colonial, el control neerlandés sobre el archipiélago fue tenue fuera de algunas islas y zonas costeras; no fue hasta principios del siglo xx cuando el dominio neerlandés se amplió a lo que posteriormente serían los límites actuales de Indonesia.

Las tropas neerlandesas constantemente se dedicaban a sofocar rebeliones dentro y fuera de la isla de Java.La influencia de los dirigentes locales, tales como el príncipe Diponegoro en Java central, Imam Bonjol en Sumatra central y Pattimura en las Molucas; además de una guerra sangrienta en Aceh que duró treinta años, debilitaron a los neerlandeses y redujeron las fuerzas militares coloniales. A pesar de las profundas divisiones políticas y sociales, durante la guerra de independencia los indonesios se unieron en su lucha por la libertad.​

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