El U-1206 tenía una vida útil corta. Este tipo de submarino fue equipado con un nuevo retrete diseñado para permitir una inmersión más profunda y evitar así el ataque de los aliados. Era un sistema muy complicado de válvula de alta presión que requería un entrenamiento especial para su uso, lo cual propició su desastroso final. El submarino partió de Karljohansvern, Noruega, para realizar una patrulla el 2 de abril de 1945. Su primera (y única) patrulla activa comenzó el 6 de abril cuando salió de Kristiansand. El 14 de abril, mientras el U-1206 navegaba a una profundidad de 61 metros, a 8 millas náuticas (15 km) de Peterhead, Escocia, el mal uso del nuevo inodoro provocó que grandes cantidades de agua entraran en el submarino. Según el informe oficial del comandante, mientras estaba en la sala de máquinas ayudando a reparar uno de los motores diesel, se le informó de que un mal funcionamiento del baño había provocado una fuga en la sección delantera. Dicha fuga inundó las baterías del submarino (situadas debajo del inodoro) dejándolo sin otra alternativa que salir a la superficie. Tras emerger, el U-1206 fue descubierto y bombardeado por patrullas británicas. Un hombre murió en el ataque, tres se ahogaron tras abandonar el buque y 46 fueron capturados.

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