Autor de múltiples obras de historia y geografía y de cientos de mapas, se cuentan entre sus obras principales la Nueva Geografía de Colombia (1888, 1892 y 1901; versión defintiva publicada en 1902)1 y el Atlas completo de geografía colombiana (1906-1910), obra que mereció el premio Charles Manoir de la Sociedad Geográfica de París.

Miembro de varias sociedades científicas, Vergara sostuvo correspondencia con geógrafos e historiadores de toda Europa y América, entre los que se destaca el geógrafo anarquista francés Elisée Reclus, cuya capítulo sobre Colombia en la Nouvelle Géographie Universelle se basa principalmente en sus trabajos.

Vergara fue “un autor erudito y crítico”, y “su pensamiento geográfico no encajaba dentro de los parámetros de las ideologías geográficas dominantes en el país de su época”, por lo que su obra sirve como punto de partida para estudios “de la historia de la formación territorial de Colombia”.

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