Las cuencas más secas son las de El Vizcaíno, Magdalena y Laguna Salada, en la península de Baja California y la de Sonora en el estado del mismo nombre.

Baja California Centro-Oeste (Vizcaíno)

Se localiza en la parte Suroeste de la entidad. Se encuentran los arroyos que drenan los valles que descargan pequeños escurrimientos al Océano Pacífico. Las corrientes principales son: al norte arroyo Santa Catarina, al sur son El Paraíso y San Luis. El aprovechamiento del agua en esta región es principalmente agropecuario y doméstico.

Baja California Noreste (Laguna Salada)

Esta región queda limitada al norte, por la bifurcación que tiene la Sierra de Juárez a partir del cerro de Tres Pinos, y al sur, por las regiones hidrológicas 2 y 5.

En el estado de Sonora las principales corrientes superficiales están distribuidas en el noroeste, este y sur.

Los escurrimientos son aprovechados mediante presas pequeñas y grandes que se emplean para el control de avenidas, generación de energía, riego y abrevadero.

En la porción noroeste el clima es muy seco y no permite la formación de corrientes perennes, aunque existen varias intermitentes, por esto el agua subterránea es de suma importancia para el desarrollo de las actividades agrícolas.

La sobreexplotación y la falta de recarga en los acuíferos de la zona costera están provocando el abatimiento de los mismos; debido a lo anterior en algunos de ellos hay intrusión de agua salada.

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