Además de su color pardo oscuro, diferente del resto de otras subespecies blancas, posee debajo de su pico una bolsa de piel sin plumas gigante, hasta tres veces mayor que su propio estómago y que puede llegar a albergar aproximadamente 11 litros de agua. Esta bolsa es utilizada como red de pesca para su subsistencia, que además permite dejar salir el agua de mar que accede por el pico al momento de capturar su alimento.

El ave adulta en ambos sexos es de al menos un metro de altura y un metro de anchura, siendo los machos un poco más grandes que las hembras.

El color de su plumaje es pardo con una tonalidad oscura rojiza, combinado con tintes de color blanco en la parte frontal de su cabeza, pecho y alas. Su pico es largo y puntiagudo, de color negro hasta la punta en la que cambia a una combinación amarilla y naranja.

Esta subespecie se alimenta principalmente de pescado que obtiene cerca de las playas ecuatorianas. No suelen alimentarse del mismo tipo de pez de consumo humano por lo que ayudan a controlar su sobrepoblación. Aun así, necesitan al menos 1,7 Kg. de pescado al día para mantenerse satisfechos.

Tienen varias maneras de adquirir su comida, la más utilizada es atrapar a su víctima zambullendo su pico en el mar previo a la fijación de la presa desde una altura de al menos 10 m, como un espectáculo olímpico.

El pelícano pardo de Galápagos no tiene depredadores directos, muy rara vez se ve acechado por lobos marinos y tiburones.

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