La historia del Museo Nacional de Ciencias Naturales se remonta al 17 de octubre de 1771 cuando el monarca español Carlos III fundó el Real Gabinete de Historia Natural, aunque parte de sus fondos proceden de una institución incluso anterior, la Real Casa de la Geografía y Gabinete de Historia Natural, creada en 1752. Posteriormente, en 1814, concluida la Guerra de la Independencia, se creó el Real Museo de Ciencias Naturales, institución formada por el Real Gabinete de Historia Natural, el Real Jardín Botánico, el Estudio de Mineralogía y el Laboratorio de Química.

Actualmente, el centro cultural tiene su sede en el Palacio de las Artes y la Industria, un edificio que se comenzó a construir en 1882. Además, a día de hoy es uno de los institutos de investigación de ciencias naturales más importantes del país, con áreas que abarcan desde la paleobiología hasta la geología, la ecología, el cambio climático, la biología ambiental y la biodiversidad.

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