Los microsporidios (Microsporidia o también Microsporidiomycetes​) son un conjunto de hongos que son parásitos intracelulares de animales. Han sido clasificados como protozoos, como protistas y también como hongos. Como su nombre indica, se caracterizan por sus esporas de tamaño mínimo, de 2 a 20 µm.

La enfermedad producida por microsporidios es conocida como microsporidiasis. La enfermedad sintomática aparece predominantemente en pacientes con sida y se caracteriza por diarrea crónica, infección generalizada y enfermedad corneal. El diagnóstico se basa en la identificación del microorganismo en muestras de biopsia, heces, orina, otras secreciones o material obtenido por raspado corneal.

Dentro del huésped, estos parásitos se fijan a una célula con una estructura en forma de arpón denominada túbulo o filamento polar e inoculan el esporoplasma infeccioso en la célula. Dentro de ella, el esporoplasma se divide y se multiplica, produciendo esporoblastos que maduran y se convierten en esporas, capaces de diseminarse por todo el cuerpo o de ingresar en el medioambiente a través de aerosoles respiratorios, heces u orina. Cuando las células huéspedes liberan las esporas, se desencadena una respuesta inflamatoria.

Es probable que los microsporidios sean una causa frecuente de enfermedad subclínica o clínica leve autolimitada en personas sanas. Recientemente, han aumentado los informes de queratoconjuntivitis por microsporidios en personas inmunocompetentes.

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