Un cenote es un depósito de agua manantial situado en depresiones geológicas características, en los que el agua del acuífero se asoma al exterior por la caída del techo de una cueva. Forma parte de los acuíferos, que están interconectados entre galerías subterráneas.

En estas, el agua marina, más densa que la dulce, puede penetrar por el fondo del sistema freático. Por ello, hay cenotes en los que a partir de determinada profundidad el agua pasa de dulce a salada, incluso a muchos kilómetros de la costa. Esta superficie de contacto entre el agua dulce y marina recibe el nombre de haloclina, y provoca interesantes efectos visuales.

En un cenote predomina la roca caliza o saskab (carbonatos de calcio y magnesio), favoreciendo la formación de los cuerpos de agua dulce. Son estructuras geomorfológicos típicas de las plataformas calizas de la península de Yucatán y la península de Florida. Hay cenotes también en diversos lugares del mundo aunque con frecuencia reciben nombres diferentes.

En algunos cenotes los mayas hacían sacrificios humanos rituales;​ los expertos han corroborado a través de un proceso de análisis de los huesos (osteotafonómico), que la mayoría de los restos hallados por arqueólogos y buceadores pertenecían a niños menores de 11 años y a adultos varones.

Etimológicamente la palabra cenote procede de la voz maya dz'onot, tzonot o Ts'ono'ot (sustantivo masculino) que significa «caverna con agua».

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