El 30 de julio de 1811 fue fusilado en Chihuahua, no sin haber recibido la comunión para que muriera en el seno de la Iglesia Católica y pudiera ser sepultado en camposanto, ya que su discutida excomunión había tenido en realidad un propósito político.

Antes de partir al paredón, perdonó y regaló dulces a quienes lo fusilarían. Les dijo: “La mano derecha que pondré sobre mi pecho será hijos míos, el blanco seguro al que habéis de dirigiros”.

Fue sentado en una silla para ser fusilado. Se negó a ser vendado y a dar la espalda al pelotón. Su muerte no fue fácil; fue necesario darle el tiro de gracia para hacerlo morir. El brigadier Nemecio Salcedo hizo que un indio tarahumara cortara la cabeza de Hidalgo de un solo tajo con un machete a cambio de 25 monedas de plata. Su cuerpo decapitado fue expuesto al público.

Su cabeza fue enviada a Guanajuato para ser colocada en una jaula de hierro, que fue colgada en uno de los ángulos de la Alhóndiga de Granaditas; en los otros tres, de igual manera, fueron exhibidas las cabezas de Allende, Aldama y Jiménez, con la siguiente inscripción “Insignes facinerosos, primeros caudillos de la revolución, que saquearon y robaron los bienes del culto de Dios y del Real Erario, derramaron con la mayor atrocidad la inocente sangre de sacerdotes fieles y magistrados justos". Las cabezas permanecerían ahí hasta marzo de 1821.

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