Juan Manuel Márquez nació en Iztacalco, en la Ciudad de México. Es hijo de Rafael Márquez Enríquez (boxeador profesional) y María de la Luz Méndez. Tiene 7 hermanos,​ su hermano Rafael Márquez también es boxeador profesional y ex campeón del mundo en peso gallo y supergallo. A la edad de 8 años Juan Manuel se conectó con el deporte de los puños tras las enseñanzas de su padre. Sus primeros combates fueron con su hermana mayor Carmen, quien en la mayoría de las veces le ganaba.

A los 19 años debutó contra Javier Durán en México, pelea en la que perdió por descalificación. “Dinamita” logró encontrar el equilibrio entre el estudio y el deporte: además de su carrera como deportista, se graduó como técnico en Contabilidad. Está casado con Érika, con quien tiene tres hijos.

Es campeón mundial en diferentes categorías y pesos, contando con 56 victorias 40 de ellas por nocaut, 7 derrotas y un empate, cabe mencionar que nunca perdió por nocaut.

Esta entre los 4 boxeadores más importantes de México.

El 8/12/12 ganó el título de Campeón de la Década de la WBO, disputado en una épica pelea que ganó por nocaut contra el filipino Manny Pacquiao. En 2012, Juan Manuel fue distinguido como el boxeador del año por la revista The Ring, su nocaut sobre Pacman fue considerado como el mejor nocaut del año y fué nombrada como el combate del año.

Márquez aparece en el videojuego Fight Night Asalto 2 que fue lanzado en el 2005. Márquez desde 2011 es comentarista de ESPN en el programa Golpe a Golpe.

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