Aunque el papa Pío XII declaró en diciembre de 1950 que no se pudo confirmar con absoluta certeza que los restos perteneciesen al apóstol Pedro, desde el punto de vista histórico nunca han existido dudas sobre la llegada de san Pedro a Roma, sobre su crucifixión y su sepultura en la necrópolis vaticana, a breve distancia del lugar del martirio.

Él había llegado a Roma en el año 41, en tiempo del emperador Claudio, y permaneció allí, salvo una breve interrupción, hasta la muerte que padeció en el año 64, al inicio de la persecución de Nerón.

Fue durante esta persecución cuando, según el testimonio de Clemente romano en el año 64, Pedro sufrió el martirio por crucifixión precisamente en el circo de Nerón que surgía en la colina Vaticana.

Su cuerpo fue sepultado en la misma colina Vaticana, en un cementerio cercano al lugar del martirio, y sobre su tumba, convertida en seguida en objeto de veneración, los cristianos levantaron en el siglo II un «trofeo».

El complejo funerario se encontraba bajo un relleno de tierra que proporcionó una base para la construcción de la antigua basílica de San Pedro durante el reinado de Constantino I alrededor del año 330.

La construcción del actual edificio, sobre la antigua basílica constantiniana, comenzó el 18 de abril de 1506, por orden del papa Julio II, y finalizó el 18 de noviembre de 1626. En ella trabajaron algunos de los arquitectos más renombrados de la historia, como Miguel Ángel o Bernini.

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